دير بطمس

يضمّ دير بطمس العديد من المعالم الدينية والتاريخية، أهمّها:

كنيسة السيدة العذراء مريم

وهي أقدم كنيسة في الدير، وتتميز بجمالها المعماري وزخارفها البيزنطية الرائعة، يوجد بالكنيسة مذبح أوسط باسم القديسة مريم ومذبح آخر بحري باسم مارجرجس الرومان والمذبح القبلي باسم الأنبا بولا، والكثير من التصميمات العريقة التي صممت على النظام القبطي القديم.

كنيسة القديس مار يوحنا الحبيب

وهي كنيسة حديثة تُقام فيها الصلوات اليومية حيث تم تصميم باب الكنيسة مثل تصميم باب النبوات الموجود في دير السريان، وتضم الكنيسة على جدرانها وسقفها اهم الرسومات الرائعه وفقا للفن القبطي القديم  تجعلك عند الدخول كانك امام تحفة اثرية فنية عريقة، كل هذه الرسومات والتحف الفنية مستوحاة من الكنائس القديمة والفن القبطي القديم،  ويوجد بالكنيسة ايضا ثلاث مذابح مذبح القديس يوحنا الحبيب و مذبح الانبا موسى والانبا ارسانيوس وايضا مذبح الانبا كاراس والانبا بيشوى. 

مغارة القديس مار يوحنا الحبيب

 وهي المغارة التي عاش فيها القديس مار يوحنا الحبيب خلال فترة اعتكافه والتي تعد من اهم الاماكن ذات قدسية عالية في هذا الدير. 

مكتبة الدير

وهي مكتبة كبيرة داخل الدير تضم أكبر عدد من الكتب والمخطوطات الدينية والتاريخية في جميع الفروع الروحية والكتاب المقدس والعقائدية والتفسيرية وغيرها ، وهي خاصة بالاباء الرهبان ويوجد بها جهاز كمبيوتر لتطوير عمليات البحث والدراسة باستخدام الانترنت، بالاضافة الي وجود مكتبة اخرى خاصة بالزائرين وتشمل ايضا اهم المخطوطات والكتب السماوية وبها قسم خاص بالاطفال. 

متحف الدير

ويوجد به بعض الآثار من العصور المختلفة التي مر بها الدير، حيث يحتفظ الدير برفات بعض الرسل والشهداء وأطفال بيت لحم والآباء وغيرهم وكل هذه الآثار توجد في كنيسة الآباء داخل الدير، بالإضافة إلى كنيسة مارمرقس التي تحتفظ برفات القديس البابا انيانوس والبابا بطرس وغيرهم. 

بيت الضيافة

يحتوي الدير على مضيفتين واحده لاستقبال الزوار تم تصميمها على طراز اثري قديم طبقا للفن القبطي وهي مفتوحة ويوجد أمامها حديقة خضراء واسعة، والثانية يقدم فيها الطعام مثل الفول والعدس والشاي وتمتد اطرافها بجانب مضيفة الاباء وهي خاصة بالآباء الكهنة الزوار والضيوف.